数据分析：16s扩增子网络分析之SparCC
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文章目录
- 介绍
- 共表达网络分析
- SPARCC算法
- 安装NetCoMi
- 加载R包
- 数据链接
- 导入数据
- 数据预处理
- network construction
- network analysis - degree centrality
- network plots - degree centrality
- network comparison with permutation - degree centrality
- 系统信息
介绍
共表达网络分析
微生物共表达网络分析是一种用于研究微生物群落中各成员之间相互作用和关联模式的方法。它通过构建网络来可视化和分析微生物之间的复杂关系，从而帮助我们理解微生物群落在不同环境条件下的功能和动态变化。以下是微生物共表达网络分析的主要作用：
- 揭示微生物间的相互作用：通过分析微生物之间的共表达模式，可以识别哪些微生物之间可能存在直接的相互作用或生态联系。
- 理解微生物群落结构：网络分析可以帮助我们理解微生物群落的结构，包括群落中的模块化结构和关键物种（hubs）。
- 识别关键物种（Hubs）：网络分析可以识别在微生物群落中连接度高的物种，这些物种可能在群落功能和稳定性中扮演重要角色。
- 探索微生物群落的生态规则：通过分析微生物群落的网络结构，可以揭示