在linux系统中安装pygtftk软件
1.下载和安装
网址： https://dputhier.github.io/pygtftk/index.html
## 手动安装
git clone http://git@github.com:dputhier/pygtftk.git pygtftk
cd pygtftk
# Check your Python version (>=3.8,<3.9)
pip install -r requirements.txt
python setup.py install
## conda 安装
conda install pygtftk官网有详细说明安装方法：
2. pygtftk软件简介
pygtftk（Python GTF toolkit）是一个用于处理GTF（Gene Transfer Format）文件的工具包。以下是关于pygtftk软件的一些介绍：
-
功能与目的：
- pygtftk旨在简化GTF/GFF2.0文件的处理，目前不支持GFF3文件格式。
- 它提供了一组UNIX命令，可以通过
gtftk程序访问，用于过滤、转换或从GTF文件中提取数据。 - pygtftk包含一个名为OLOGRAM（OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo）的新命令，用于计算用户提供的区域（BED格式）与GTF注释派生的区域之间的重叠统计信息。
-
兼容性与依赖：
- pygtftk与Python版本>=3.8,<3.9兼容，并依赖于用C语言编写的libgtftk库。
- 它还依赖于一些外部工具，如bedtools、graphviz和unzip等。
-
安装：
- 推荐通过conda进行安装，因为pygtftk和gtftk命令行工具需要外部依赖。
- 如果使用pip安装，需要先安装依赖，并使用
pip install pygtftk命令
3.gtf文件处理
3.1gffread
gff转换为gtf文件
gffread -T -o file1 file2(原文件） #-o后跟输出文件名，-T表示输出必须为gtf文件
gffread -T -o genes.gtf SWO.v3.0.gene.model.gff3 #-o后跟输出文件名，-T表示输出必须为gtf文件
4.在手动安装时出现以下报错
参考来源：
Welcome to pygtftk documentation page — gtftk 1.6.2 documentation (dputhier.github.io)
GitHub - dputhier/pygtftk: A python package and a set of shell commands to handle GTF files
seqtk、seqkit、gtftk 的使用-CSDN博客