PSI-BLAST生成的PSSM文件转换为pssm_dict字典
PSI-BLAST 生成的主要文件如下：
- PSM（Position-Specific Matrix）文件：
- 定义与内容：这是一个位置特异性矩阵文件，它记录了在搜索过程中每个位置上不同氨基酸出现的频率和概率信息。该矩阵反映了在已知相似序列的背景下，每个位置对不同氨基酸的偏好性。对于输入的查询序列，通过与数据库中的序列进行比对和迭代搜索，PSI-BLAST 会不断更新这个矩阵，使其越来越准确地反映出与查询序列具有相似结构和功能的蛋白质在各个位置上的氨基酸分布特点。
- 作用：是 PSI-BLAST 的核心输出文件之一，对于研究蛋白质的进化关系、预测蛋白质的结构和功能等方面具有重要意义。通过分析 PSM 文件，可以了解到查询序列中每个位置上的氨基酸在进化过程中的保守性和变异性，从而推断出该位置对于蛋白质功能的重要性。
- BLAST 报告文件：
- 定义与内容：这是一个文本格式的报告文件，详细记录了每次迭代过程中 PSI-BLAST 搜索到的与查询序列相似的序列信息。文件中包含了每个匹配序列的标识、序列长度、相似性得分、E 值（期望值，表示随机情况下出现该相似性的概率）、比对的起始和结束位置等信息。
- 作用：该文件提供了 PSI-BLAST 搜索结果的详细信息，用户可以根据这些信息来评估搜索到的序列与查询序列的相似程度，以及这些序列的可靠性。通过分析 BLAST 报告文件，用户可以筛选出与查询序列最相关的序列，以便进一步进行研究。