表观项目文章速递，平均IF=9.7

表观组学是研究基因组层面的表观遗传变化及其调控机制的一门学科，它在现代生物学研究中具有重要意义。传统的遗传学研究主要关注DNA序列的变化，而表观组学则着眼于在不改变DNA序列的情况下，如何通过化学修饰和染色质结构的改变进而影响基因表达。因此，表观组学为揭示基因功能和复杂生物过程提供了新的视角。爱基百客拥有近10年的表观经验，致力于提供领先的表观组学技术。据不完全统计，近期好消息频传，有不少表观项目文章见刊，平均影响因子9.7。

01

真菌漆酶靶向受体激酶OsSRF3，抑制水稻OsBAK1-OsSRF3介导的免疫

A secreted fungal laccase targets the receptor kinase OsSRF3 to inhibit OsBAK1-OsSRF3-mediated immunity in rice

• 研究单位：安徽农业大学和华中农业大学

• 提供技术：Small RNA-seq

• 发表期刊：Nature Communications（IF=14.7）

• 主要内容：

鉴定效应靶点和其功能特征对于了解病原体感染机制和植物免疫成分至关重要。在该研究中，研究团队鉴定了一种在调控水稻假黑穗病菌毒力中起关键作用的真菌黑病霉素合成酶UgsL。在水稻（水稻UgsL）中的异源表达提高了植物对多种病原菌的敏感性，宿主诱导的UgsL基因沉默增强了植物对病毒的抗性，表明UgsL抑制了水稻的免疫力。UgsL与结构交换受体激酶3（OsSRF3）相互作用。OsSRF3的基因编辑和过表达表明，OsSRF3在水稻对多种病原体的抗性中起着关键作用。

值得注意的是，过表达OsSRF3增强了抗性，而不会对植物的生长或产量产生不利影响。研究发现，油菜素内酯受体相关激酶1（OsBAK1）与OsSRF3相互作用并磷酸化，激活病原体触发的免疫，诱导丝裂原活化蛋白激酶级联、活性氧爆发、胼胝质沉积和防御相关基因的表达。UgsL干扰OsBAK1磷酸化OsSRF3。此外，UgsL通过促进其与泛素-26s蛋白酶体的关联来促进OsSRF3，介导其降解。研究结果显示，OsSRF3正向调控水稻的免疫，而UgsL介导其降解，从而抑制OsBAK1-OsSRF3介导的免疫通路的激活。

02

SGLT2抑制剂达格列净改善了高尿酸血症肾病中的肾纤维化

The SGLT2 inhibitor dapagliflozin ameliorates renal fibrosis in hyperuricemic nephropathy

• 研究单位：海南省人民医院

• 提供技术：ChIP-seq

• 发表期刊：Cell Reports Medicine（IF=11.7）

• 主要内容：

高尿酸性肾病（HN）是一种以尿酸（UA）代谢功能障碍为特征的全球性代谢紊乱，导致高尿酸血症（HUA）和小管间质纤维化（TIF）。钠依赖性葡萄糖转运体2抑制剂达格列净已显示出降低慢性肾病（CKD）患者血清UA水平的潜力，尽管其对HN的保护作用仍不确定。该研究通过组织学、生化和转录组学分析，研究了患者、HN小鼠和UA刺激的HK-2细胞中HN的功能、病理和分子变化。研究结果表明UA诱导的肾小管功能障碍和纤维化激活，达格列净显著减轻。转录组学分析确定了雌激素相关受体a（ERRa），HN中一个下调的转录因子。ERRa敲除小鼠和ERRa过表达的HK-2细胞表现出UA耐药性，而ERRa抑制则加剧了UA效应。达格列净以ERRa为靶点，激活ERRa-有机阴离子转运体1（OAT1）轴，增强UA排泄，减少TIF。此外，达格列净改善了非HNCKD模型中的肾纤维化，强调了ERRa-OAT1轴在HN和CKD中的治疗意义。

03

大豆NF-YC4和α-EXPANSIN 7模块通过调节根系形态影响磷的吸收

The soybean NUCLEAR FACTOR-YC4 and α-EXPANSIN 7 module influences phosphorus uptake by regulating root morphology

• 研究单位：中国农业科学院作物科学研究所

• 提供技术：DAP-seq

• 发表期刊：plant physiology（IF=6.5）

• 主要内容：

大豆（Glycine max）是一种全球重要的作物，但其生产力受到磷（P）缺乏的严重影响。了解低磷（LP）响应机制的转录调控对于提高大豆的磷利用效率至关重要。在这项研究中，研究团队发现核因子-Y（NF-Y）转录因子GmNF-YC4除了之前发现的调节开花时间的作用外，还在调节根部形态和磷吸收方面发挥着另一种功能。敲除GmNF-YC4显著促进了根系的生长和磷的吸收，同时也影响了与低磷胁迫相关基因的表达。GmNF-YC4作为一种特异性的DNA结合转录抑制因子，通过直接结合其启动子区域调节大豆α-扩展素7（GmEXPA7）基因的表达，该基因编码一种细胞壁松弛因子。进一步研究发现，GmEXPA7的表达主要是在根部特异性，并且受到低磷的诱导。此外，在大豆毛根中过表达GmEXPA7通过刺激根生长和磷吸收增强了低磷耐受性。研究进一步通过DNA亲和纯化测序筛选并获得了更多GmNF-YC4的潜在靶基因，包括与低磷胁迫相关的基因。这些发现强调了GmNF-YC4-GmEXPA7模块在减轻大豆低磷胁迫中的关键调节作用。

04  

LIM激酶2激活心脏成纤维细胞，并通过经典和非经典Wnt通路之间的相互作用加重心肌梗死后的左心室重塑

LIM kinase 2 activates cardiac fibroblasts and exacerbates postinfarction left ventricular remodeling via crosstalk between the canonical and non-canonical Wnt pathways

• 研究单位：南京大学医学院附属鼓楼医院

• 提供技术：ChIP-seq

• 发表期刊：Pharmacological Research（IF=9.1）

• 主要内容：

尽管急性心肌梗死（MI）死亡率降低，但缺血性心力衰竭率仍会上升。心肌梗死后过度的肌成纤维细胞激活会导致不良的重塑。LIM激酶（LIMK1和LIMK2）调节细胞骨架稳态，是心房颤动中的促纤维化标志物。然而，它们在梗死后纤维化和心室重构中的作用和机制尚不清楚。

该研究发现，小鼠心肌梗死模型中边界区（BZ）的LIMKs表达升高。LIMK1/2双敲除（DKO）通过抑制肌成纤维细胞的活化来抑制病理重塑并降低死亡率。通过使用带有骨膜蛋白启动子的腺相关病毒（AAV）过表达LIMK1或LIMK2，研究发现在DKO小鼠中，肌成纤维细胞特异性的LIMK2过表达减弱了这些作用，而LIMK1则没有。通过使用AAV过表达突变体LIMK2缺乏激酶活性，LIMK2激酶活性对肌成纤维细胞的增殖至关重要。根据磷酸化蛋白质组分析、功能拯救实验、共免疫沉淀和蛋白-蛋白对接，LIMK2导致了β-连环蛋白在Ser 552位点的磷酸化。LIMK2核易位也在过表达AAV的帮助下，突变体LIMK2在心肌梗死后肌成纤维细胞增殖中发挥作用。

染色质免疫共沉淀测序ChIP-seq发现，在TGF-β处理过的心肌成纤维细胞中，LIMK2与Lrp6启动子区域结合，通过Wnt受体内化正向调节Wnt信号通路。研究表明，LIMK2通过增强磷酸化β-连环蛋白（Ser552）和Lrp6信号，促进心肌梗死后肌成纤维细胞增殖和不良心脏重塑。这提示LIMK2可能是心肌梗死后损伤治疗的一个靶点。

05

温度依赖的jumonji去甲基化酶通过靶向H3K36me2/3调节油菜花期

Temperature-dependent jumonji demethylase modulates flowering time by targeting H3K36me2/3 in Brassica rapa

• 研究单位：北京农林科学院

• 提供技术：ChIP-seq

• 发表期刊：Nature Communications（IF=14.7）

• 主要内容：

全球变暖严重影响了作物的开花时间和产量。组蛋白修饰在促进植物在环境温度中的可塑性方面的作用已被充分证明。然而，调节组蛋白修饰及其参与生境地适应的因素仍然难以捉摸。研究通过全基因组模式分析和定量性状位点（QTL）定位，发现BrJMJ18是耐热油菜亚属调节耐热性的候选基因的QTL。

BrJMJ18编码一种H3K36me2/3 Jumonji去甲基化酶，该酶可在整个基因组中重构H3K36的甲基化。研究表明，通过表征过表达和CRISPR/Cas9突变株，发现来自Par的BrJMJ18等位基因（BrJMJ18Par）以温度依赖的方式影响开花时间和植物生长。进一步发现，过表达BrJMJ18Par可以调节BrFLC3的表达，这是BrFLC的五个同源基因之一。此外，ChIP-seq和转录组数据显示，BrJMJ18Par可以在高温下可以调节叶绿素生物合成。研究还证明了三种氨基酸突变可能解释了亚种间BrJMJ18的功能差异。基于这些发现，研究团队提出了一个工作模型，即H3K36me2/3去甲基化酶在正常条件下不影响农艺性状，但可以提高油菜热胁迫下的恢复力。

06

II类铁死亡诱导剂是一种针对t(4;14)阳性多发性骨髓瘤的新型治疗方法

Class Ⅱ ferroptosis inducers are a novel therapeutic approach for t(4;14)-positive multiple myeloma

• 研究单位：华中科技大学同济医学院

• 提供技术：ChIP-qPCR

• 发表期刊：Blood advances（IF=7.4）

• 主要内容：

多发性骨髓瘤（MM）是一种克隆性浆细胞恶性肿瘤，具有遗传异质性。细胞遗传学异常t（4；14）强烈地预测了MM患者的不良预后，即使是在新药物出现的时代。铁死亡是一种新的抗肿瘤治疗方法，但铁死亡与多发性骨髓瘤（MM）细胞遗传学异常之间的关系仍然不太清楚。该研究展示了t(4;14) 阳性但不是t(4;14)阴性的多发性骨髓瘤细胞在临床前环境中易受II类铁死亡诱导剂（FINs）的影响，这主要依赖于多发性骨髓瘤含有SET结构域的蛋白（MMSET）的显著上调。

在机制上，MMSET通过与其启动子区域结合上调长链脂肪酸酰基辅酶A合成酶家族成员4（ACSL4）的转录，从而导致多不饱和脂肪酸（PUFA）水平增加，并增强t(4;14)阳性多发性骨髓瘤对铁死亡的敏感性。补充多不饱和脂肪酸（PUFAs）有效地恢复了t(4;14)-阴性多发性骨髓瘤（MM）的铁死亡敏感性。此外，在t(4;14)-阳性多发性骨髓瘤中，II类FINs与博来霉素的组合治疗通过抑制溶质载体家族7成员11的增加，降低了细胞谷胱甘肽水平，并诱导了细胞凋亡和铁死亡的发生，展示了在体外及异种移植模型中的协同抗肿瘤活性。综合来看，研究结果表明，针对铁死亡的II类FINs是改善t(4;14)-阳性多发性骨髓瘤治疗效果的一种新型且有前景的治疗方法。

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