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【Python】为Pandas加速（适合Pandas中级开发者）

news 2024/10/28 2:48:27

非常好的一篇文章，解决问题的方式和思路层层递进，透彻深刻。

Pandas是个好工具，好工具要用正确高效的方式使用，才能发挥出万钧之力。

英文水平较高可直接阅读原文。Fast, Flexible, Easy and Intuitive: How to Speed Up Your pandas Projects – Real Python

逛了一下，这个原版国外网站内容很丰富，挺不错。

这里有个 Data Science 合集，点击可进入看更多文章：Python Data Science – Real Python

其核心观点是使用Pandas的矢量化操作（也可翻译为：向量化计算）特性，而非使用极其原始的for循环，可大幅提升Pandas操作数据的性能。

本博客翻译如下：（意译为主，省略废话，代码全部保留）

前言

本文是一个使用Pandas的指南，以充分利用其强大且易于使用的内置功能。此外，您将学习一些实用的加快处理的技巧。

Python风格代码可能不是最有效率的。和NumPy库一样，pandas被设计用来进行向量化操作，一次处理整列或者一整个数据集。不要再最开始的时候，就考虑如何处理每一个单元格或每一行，而应该再试过其他全部方法之后。

本文主要涉及以下三个内容：

使用 datetime 类型处理时间序列的优势
批量计算的最有效途径
使用HDFStore存储数据来节省时间

使用Pandas，有很多种方法可以实现从A到B，但是并不是所有方法都能高效的扩大至更大的数据量。

阅读本文的前提是需熟练掌握Pandas库的数据选择和切片等操作。（译者注：若对某些Pandas方法不熟，可使用Kimi.ai）

案例

这个例子的目标是应用分时电价来计算一年的能源消耗总成本。也就是说，在一天中的不同时间，电价是不同的，所以任务是将每小时消耗的电量乘以消耗时的正确价格。

从CSV文件中读取数据，A列是时间，B列是耗电量（度）。

每一行包含每个小时使用的电量，因此全年有365 x 24=8760行。每行表示当时“起始小时”的使用情况，因此1/1/13 0:00表示2013年1月1日第一个小时的使用情况。

使用Datetime类型加速

>>> import pandas as pd
>>> pd.__version__
'0.23.1'# Make sure that `demand_profile.csv` is in your
# current working directory.
>>> df = pd.read_csv('demand_profile.csv')
>>> df.head()date_time  energy_kwh
0  1/1/13 0:00       0.586
1  1/1/13 1:00       0.580
2  1/1/13 2:00       0.572
3  1/1/13 3:00       0.596
4  1/1/13 4:00       0.592

初看没有问题，但其实有个小毛病。Pandas和Numpy有数据类型（dtypes）的概念。如果没有指定类型， date_time 会使用 object 类型：

>>> df.dtypes
date_time      object
energy_kwh    float64
dtype: object>>> type(df.iat[0, 0])
str

这不是最佳选择。 object 不仅是 str 类型的容器，任何没有合适数据类型的列都会被存放到 object 中。将日期数据作为字符串处理是非常低效的。（同时也很消耗内存）。

处理时间序列数据，更好的方法是将 date_time 列格式化为 datetime 对象的数组。（Pandas中称之为 Timestamp。）Pandas处理的更加简洁：

>>> df['date_time'] = pd.to_datetime(df['date_time'])
>>> df['date_time'].dtype
datetime64[ns]

（注意：本例中你还可以使用 Pandas 的 PeriodIndex 索引。）

df 如下：

>>> df.head()date_time    energy_kwh
0    2013-01-01 00:00:00         0.586
1    2013-01-01 01:00:00         0.580
2    2013-01-01 02:00:00         0.572
3    2013-01-01 03:00:00         0.596
4    2013-01-01 04:00:00         0.592

如何测试代码耗时？可以使用一个 timing decorator，这里我们称之为 @timeit。这个 decorator 最大程度的模仿了 Python 标准库中的 timeit.repeat() ，但是它能返回函数执行结果，并打印多次试验的平均运行时长。（Python标准库的 timeit.repeat() 只能返回时间结果，而不含函数结果）。

>>> @timeit(repeat=3, number=10)
... def convert(df, column_name):
...     return pd.to_datetime(df[column_name])>>> # Read in again so that we have `object` dtype to start 
>>> df['date_time'] = convert(df, 'date_time')
Best of 3 trials with 10 function calls per trial:
Function `convert` ran in average of 1.610 seconds.

8760行数据耗费1.6秒。还不错，但是如果要处理更大的数据量，比如数据采集频率加快到每分钟采集一次数据，那么此时的全年用电量数据，将是现在数据量的60倍多，这个代码将运行1分钟30秒。

实际上，我最近分析了来自330个网站的共10年的每小时电量数据。如果只是用来转换时间数据的类型，就要等待88分钟，那难以想象！

那该如何加速呢？只需使用 format 参数告诉 Pandas 你的时间数据的具体格式即可。

>>> @timeit(repeat=3, number=100)
>>> def convert_with_format(df, column_name):
...     return pd.to_datetime(df[column_name],
...                           format='%d/%m/%y %H:%M')
Best of 3 trials with 100 function calls per trial:
Function `convert_with_format` ran in average of 0.032 seconds.

现在的耗时是0.032秒，效率是前面的50倍。如果你要从330个网页中处理数据，你就能节省86分钟，很大的进步。

还有一点需要说明，CSV中的时间格式不是 ISO 8601 格式：YYYY-MM-DD HH:MM。如果你不指定格式，Pandas 会使用 dateutil 包将字符串转为日期。

相反，如果时间数据已经是 ISO 8601 格式，Pandas 可以立即解析为日期。这就是为什么格式化时间后效率大幅提升的一个原因。另一个方式是传递 infer_datetime_format = True 参数。

注意：Pandas 的read_csv（）允许在读写文件的同时解析日期。请参阅parse_dates、infer_datetime_format和date_parser参数。

简化对Pandas数据的循环

现在日期和时间已经转成正确的格式，现在可以开始计算电费了。请记住，电费因小时而异，因此您需要根据每个小时的不同电费单价计算总电费。在本例中，每小时的电费定义如下：

电费类型	美分/度	时间段
高峰	28	17:00-24:00
平时	20	7:00-17:00
低谷	12	0:00-7:00

如果电价永远都是 28 美分/度，则代码就很简单：

>>> df['cost_cents'] = df['energy_kwh'] * 28

这样 df 中会产生一个新的列，代表每个小时的电费：

date_time    energy_kwh       cost_cents
0    2013-01-01 00:00:00         0.586           16.408
1    2013-01-01 01:00:00         0.580           16.240
2    2013-01-01 02:00:00         0.572           16.016
3    2013-01-01 03:00:00         0.596           16.688
4    2013-01-01 04:00:00         0.592           16.576
# ...

但我们要计算的电费因时间段不同而单价不同。我们会看到大多数人会这么思考如何写这段代码：写一个循环针对不同时间分别计算。

本文的后面，我们将从一个简陋的方案直到一个最能发挥 Pandas 特性的方案。

先看看循环方法，循环对于不熟悉 Pandas 设计原则的初学者时最喜欢的方案。

写一个普通的循环方法。

def apply_tariff(kwh, hour):"""Calculates cost of electricity for given hour."""    if 0 <= hour < 7:rate = 12elif 7 <= hour < 17:rate = 20elif 17 <= hour < 24:rate = 28else:raise ValueError(f'Invalid hour: {hour}')return rate * kwh

应用到 df 中：

>>> # NOTE: Don't do this!
>>> @timeit(repeat=3, number=100)
... def apply_tariff_loop(df):
...     """Calculate costs in loop.  Modifies `df` inplace."""
...     energy_cost_list = []
...     for i in range(len(df)):
...         # Get electricity used and hour of day
...         energy_used = df.iloc[i]['energy_kwh']
...         hour = df.iloc[i]['date_time'].hour
...         energy_cost = apply_tariff(energy_used, hour)
...         energy_cost_list.append(energy_cost)
...     df['cost_cents'] = energy_cost_list
... 
>>> apply_tariff_loop(df)
Best of 3 trials with 100 function calls per trial:
Function `apply_tariff_loop` ran in average of 3.152 seconds.

上面这段代码看着似乎没有大问题，但是这个循环显得很呆。也可以说时反模式的，反“Pandas”的模式。它有几个问题。

首先，它需要初始化一个列表，这个列表用来存储结果。

其次，它使用不准确（opaque）的对象 range(0，len(df)) 来作为循环计算，然后在应用apply_tariff() 之后，它必须将结果附加到用于创建新DataFrame列的列表中。它还使用df.iloc[i]['date_time']进行所谓的链式索引，这通常会导致意想不到的结果。

（译者注：在循环遍历 df 的时候，又修改 df ，可能导致意外错误）

但是最大的问题还是费时，8760行数据花费了3秒钟。下面看改进后的方法。